Van der Vlugt si formò a Rotterdam e insegnò a Groninga prima di entrare nel 1925 nello studio di Michiel Brinkman; Brinkman morì quello stesso anno e Van der Vlugt ereditò tanto l'ufficio quanto la sua commessa maggiore. Con l'ingegnere del cemento armato Jan Gerko Wiebenga e, per un breve periodo, con il disegnatore Mart Stam, realizzò la fabbrica Van Nelle, la stecca Bergpolder e due ville di vetro per i direttori della Van Nelle. I suoi edifici collocano pilastri di calcestruzzo a fungo dietro una pelle di vetro appesa in avanti rispetto al telaio, così che i solai si leggano dall'esterno come fasce orizzontali continue e la struttura non tocchi mai la facciata. Morì a quarantadue anni. La paternità della fabbrica fu contesa per decenni, e per questo Stam lasciò lo studio.
