Machonin diresse lo studio Alfa all'interno di un istituto statale cecoslovacco di progettazione alla fine degli anni Sessanta, vincendo una serie di concorsi pubblici insieme alla moglie e compagna professionale di tutta la vita, Věra Machoninová, che aveva sposato nel 1948. Il loro linguaggio comune, costruito soprattutto negli anni Settanta, portò il brutalismo verso una geometria sfaccettata e cristallina: cellule esagonali o angolari ripetute su tutta la pianta anziché una massa scolpita unica, rivestite in cemento a vista e pannelli metallici. Kotva, il grande magazzino che la coppia progettò per il centro di Praga, e l'Hotel Thermal di Karlovy Vary ne sono le espressioni più chiare. Machonin lavorò anche da solo nell'edilizia residenziale, tra cui il quartiere di Lehovec a Praga, prima di morire nel gennaio 1990 all'età di sessantanove anni.
