Machonin dirigió el estudio Alfa dentro de un instituto estatal checoslovaco de proyectos a finales de los sesenta, ganando una serie de concursos públicos junto a su esposa y compañera profesional de toda la vida, Věra Machoninová, con quien se había casado en 1948. Su lenguaje común, construido sobre todo en los años setenta, llevó el brutalismo hacia una geometría facetada y cristalina: células hexagonales o angulares repetidas por toda la planta en vez de una masa esculpida única, revestidas de hormigón encofrado y paneles metálicos. Kotva, los grandes almacenes que la pareja proyectó para el centro de Praga, y el Hotel Thermal de Karlovy Vary son sus expresiones más claras. Machonin también trabajó solo en vivienda, entre ella el polígono de Lehovec en Praga, antes de morir en enero de 1990 a los sesenta y nueve años.
