Machoninová se formó en la Universidad Técnica Checa de Praga, donde se licenció en 1952, tras conocer allí como estudiante a quien sería su marido y compañero profesional de toda la vida, Vladimír Machonin; se casaron en 1948 y mantuvieron un estudio conjunto durante toda la carrera de él. Sus grandes encargos, ganados juntos en concursos públicos durante los años sesenta, comparten una geometría hexagonal o cristalina construida a partir de un único módulo repetido —el Hotel Thermal de Karlovy Vary, la embajada checoslovaca en Berlín Oriental y Kotva, los mayores grandes almacenes de Praga—, realizados durante los setenta en hormigón encofrado y revestimientos metálicos. Tras la muerte de Machonin en 1990 ella siguió proyectando en solitario hasta una edad avanzada, y sigue siendo, pasados los noventa y siete años, una de las últimas arquitectas vivas del brutalismo checoslovaco.
