Machoninová si formò all'Università Tecnica Ceca di Praga, dove si laureò nel 1952, dopo aver conosciuto lì come studentessa quello che sarebbe diventato suo marito e compagno professionale per tutta la vita, Vladimír Machonin; si sposarono nel 1948 e mantennero uno studio comune per l'intera carriera di lui. I loro grandi incarichi, vinti insieme in concorsi pubblici durante gli anni Sessanta, condividono una geometria esagonale o cristallina costruita a partire da un unico modulo ripetuto — l'Hotel Thermal di Karlovy Vary, l'ambasciata cecoslovacca a Berlino Est e Kotva, il più grande grande magazzino di Praga —, realizzati negli anni Settanta in cemento a vista e rivestimenti metallici. Dopo la morte di Machonin nel 1990 lei continuò a progettare da sola fino a tarda età, e resta tuttora, superati i novantasette anni, una delle ultime architette viventi del brutalismo cecoslovacco.
