Il Terz'Ordine di San Francesco chiese a Lisbona il permesso di costruire nel 1752 e attese diciannove anni una risposta. Invece di aspettare, cominciò: verso il 1765 fu preparato il terreno e nel 1766 i lavori furono appaltati al capomastro Domingos Moreira de Oliveira, su progetto di Aleijadinho. L'autorizzazione ufficiale arrivò solo nel 1771. Il presbiterio era coperto nel 1774, il disegno dei campanili fu modificato nel 1787, il tetto posato nel 1788 e le murature ultimate nel 1794. Ciò che Aleijadinho diede all'edificio è una facciata in tensione: i due campanili sono cilindri — cosa inaudita allora nell'architettura religiosa brasiliana — e sono incassati nel prospetto, così che l'intero alzato si incurva. Fra di essi un frontespizio in pietra ollare porta le stimmate di san Francesco sotto un oculo, e il portale intagliato deborda come non fanno mai i muri imbiancati. La Wikipedia portoghese la considera un capolavoro dell'arte coloniale brasiliana e una delle creazioni più celebri di Aleijadinho.
La ricchezza di Ouro Preto nel Settecento veniva dall'estrazione dell'oro lavorata da africani ridotti in schiavitù, e la Wikipedia inglese riporta che gran parte di quella ricchezza fu investita nel costruire e decorare chiese. Il progettista di questa nacque dentro quel sistema: Antônio Francisco Lisboa era figlio illegittimo dell'architetto portoghese Manuel Francisco Lisboa e di una donna africana ridotta in schiavitù. La Wikipedia inglese afferma che la sua condizione di nascita lo tenne fuori dalle cerchie degli artigiani locali e che "la sua condizione meticcia e la possibilità di rivendicare un padre bianco, insieme al mestiere di artigiano, gli permisero di prendere le distanze dagli schiavi che costruirono le sue chiese senza però dirsi bianco". L'appalto delle murature fu dato al capomastro Domingos Moreira de Oliveira nel 1766; la manodopera che lo eseguì fu quella di una società schiavista.
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