Costó veintitrés años y cuatro proyectos abandonados enterrar como es debido al fundador de Pakistán. Jinnah murió en 1948; en 1949 se creó un fondo conmemorativo, en 1954 se nombró y destituyó a un arquitecto indio, en 1955 se contrató y rechazó a uno turco, y en 1957 se convocó un concurso internacional que ganó el británico William Whitfield. Fatima Jinnah vetó ese resultado, tomó el control del fondo y encargó la obra a Yahya Merchant, arquitecto bombayeño y amigo personal de su hermano. La primera piedra se puso el 31 de julio de 1960 y el mausoleo se inauguró el 18 de enero de 1971. Merchant construyó un cubo de mármol con un arco parabólico en cada cara y una cúpula rebajada: geometría funeraria tradicional despojada de ornamento sobre una estructura moderna, con el aparejo a espiga del mármol y una banda de celosías en el arranque de la cúpula como único adorno. Los jardines no se terminaron hasta 2000.
La terminación del mausoleo quedó enredada con el propio país que conmemora. El presidente Ayub Khan, que había tomado el poder en un golpe de 1958, puso la primera piedra en 1960; cinco años después, Fatima Jinnah, que había elegido personalmente al arquitecto y controlaba el fondo del monumento, se presentó contra Ayub en las elecciones presidenciales de 1965 con un programa opuesto al régimen militar, y perdió entre denuncias opositoras de fraude electoral. Murió en 1967, cuatro años antes de que se terminara el edificio que había encargado, su propia muerte envuelta en rumores nunca resueltos de juego sucio. El general Yahya Khan, que para entonces había sustituido a Ayub, inauguró el mausoleo terminado el 18 de enero de 1971 como monumento a la visión de un Pakistán unido de su fundador; diez semanas después, la represión de su propio gobierno en Pakistán Oriental dio inicio a la guerra que acabó con esa unidad, y Bangladesh se independizó antes de que terminara el año.
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