Houben si è laureata cum laude a Delft ed è socia fondatrice e direttrice creativa di Mecanoo, lo studio di Delft nato dalla proposta vincente di un gruppo di studenti per alloggi giovanili al Kruisplein di Rotterdam. Il suo repertorio è volutamente ampio — biblioteche soprattutto, ma anche teatri, stazioni, residenze, musei e alberghi — e descrive il proprio metodo come una fusione di architettura, urbanistica e paesaggio, chiedendo che un edificio parli a tutti i sensi anziché risolversi in una sola immagine. La biblioteca completata all'Università tecnica di Delft nel 1997, un pendio erboso trafitto da un cono, fece la fama dello studio e aprì commesse in Gran Bretagna, Stati Uniti e Taiwan. Nel 2003 ha diretto la prima Biennale internazionale di architettura di Rotterdam.
